Compostos do Paulo Daqbi

# antechamber: script para calcular as cargas atômicas e os parâmetros de uma estrutura não reconhecida pelo AMBER (neste caso o tolueno (solvente) e o 3amino (soluto))
# Ao gravar os arquivos do suluto e do solvente no pdb verifique se ha um nome (residue name) no arquivo para ser identificado posteriormente pelo programa tleap
## Preparar o frcmod do solvente (tolueno)
antechamber -i tolueno.pdb -fi pdb -o tolueno.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2
parmchk -i tolueno.mol2 -f mol2 -o tolueno.frcmod

# Conferir as cargas (a soma neste caso tem que ser zero)
cat  tolueno.mol2 | awk '{ sum+=$9} END {print sum}'



## Preparar o frcmod do soluto (3amino)
antechamber -i 3amino.pdb -fi pdb -o 3amino.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2
parmchk -i 3amino.mol2 -f mol2 -o 3amino.frcmod

# Conferir as cargas (a soma neste caso tem que ser zero)
cat  3amino.mol2 | awk '{ sum+=$9} END {print sum}'


## copiar os arquivos mol2 e frcmod do solvente e do soluto para outro diretorio

# Iniciar o script leap
tleap -f leaprc.ff99SB
source leaprc.gaff



# Carregar o arquivo com a molécula do solvente (UNK)
UNK = loadmol2 tolueno.mol2
#loadamberparams tolueno.frcmod
saveoff UNK tolueno.lib
check UNK



# Carregar o arquivo com a molécula do soluto (AMI)
AMI = loadmol2 3amino.mol2
#loadamberparams 3amino.frcmod
saveoff AMI 3amino.lib
check AMI




# Solvatar o sistema
#solvatebox AMI TIP3PBOX 20
solvatebox AMI UNK 20
saveoff AMI prot_solv.lib
check AMI
saveamberparm AMI prot_solv.top prot_solv.inpcrd
savepdb AMI prot.pdb

mpirun -np 8 sander.MPI -O -i min1.in -o min1.out -c prot_solv.inpcrd -p prot_solv.top -r 1.rst -ref prot_solv.inpcrd -inf 1.info &

mpirun -np 8 sander.MPI -O -i min2.in -o min2.out -c 1.rst -p prot_solv.top -r 2.rst -inf 2.info &

mpirun -np 8 sander.MPI -O -i md1.in -p prot_solv.top -c 2.rst -ref 2.rst -o md1.out -r 3.rst -x 3.crd -e 3.en -inf 3.info &

mpirun -np 8 sander.MPI -O -i md2.in -p prot_solv.top -c 3.rst -o md2.out -r 4.rst -x 4.crd -e 4.en -inf 4.info &