Download de
programas e estruturas
1) Baixar DS
(discovery Studio), VMD ou pymol
Discovery
Studio Visualizer
VMD
2) Baixar todas
as estruturas cristalográficas da BLG
Abrir a
estrutura da BLG no editor de texto e investigar os principais campos
Estudo sobre
proteínas
0) Estudar os
tipos de aminoácidos em especial suas características elétricas,
aromáticas e estéricas:
restype
non-polar residues (white), basic residues (blue), acidic residues
(red) and polar residues (green).
1) Anotar os
aminoácidos contidos nas estruturas e suas diferenças/mutações
2) investigar
as formas de ligação ligação de H, hidrofóbica, van der Waals
3) anotar as
estruturas secundárias mais recorrentes
4) Verificar a
relação entre as características de cristalização e a forma
(dimérica, monomérica etc) da proteína
5) Investigar
os ligantes na cavidade e as ligações mais próximas (close contacts)
(all and same residue as within 3 of resname XXX)
Estudo dos
papers referentes as estruturas
1) Baixar os
artigos e ler (na diagonal) qual contém informações sobre a
estrutura
2) Procurar
trabalhos de simulação computacional da BLG
Visualizar com
o VMD (por ex) o número e o caráter das ligações de H do backbone
e dos resíduos.
Observar ao
longo da trajetória este comportamento. Observar o caráter das HB
na alfa hélice e nas beta folhas
Momentos de
dipolo da beta folha e alfa helice
Ligação
dissulfidica
Estrutura
primária: cadeia polipeptídica
Estrutura
secundária: alfa-hélices, Beta-folhas
Estrutura
terciária: estrutura 3D da proteína monomérica
Estrutura
quaternária: estrutura entre várias cadeias plipeptídicas
Apresentação media
Apresentação do DS da Acccelys
