Pesquisar este blog

sábado, 1 de março de 2014

Passo a passo IC – BLG

Download de programas e estruturas
1) Baixar DS (discovery Studio), VMD ou pymol
Discovery Studio Visualizer

VMD

2) Baixar todas as estruturas cristalográficas da BLG

Abrir a estrutura da BLG no editor de texto e investigar os principais campos


Estudo sobre proteínas
0) Estudar os tipos de aminoácidos em especial suas características elétricas, aromáticas e estéricas:
restype non-polar residues (white), basic residues (blue), acidic residues (red) and polar residues (green).
1) Anotar os aminoácidos contidos nas estruturas e suas diferenças/mutações
2) investigar as formas de ligação ligação de H, hidrofóbica, van der Waals
3) anotar as estruturas secundárias mais recorrentes
4) Verificar a relação entre as características de cristalização e a forma (dimérica, monomérica etc) da proteína
5) Investigar os ligantes na cavidade e as ligações mais próximas (close contacts)
(all and same residue as within 3 of resname XXX)

Estudo dos papers referentes as estruturas
1) Baixar os artigos e ler (na diagonal) qual contém informações sobre a estrutura
2) Procurar trabalhos de simulação computacional da BLG

Visualizar com o VMD (por ex) o número e o caráter das ligações de H do backbone e dos resíduos.
Observar ao longo da trajetória este comportamento. Observar o caráter das HB na alfa hélice e nas beta folhas

Momentos de dipolo da beta folha e alfa helice
Ligação dissulfidica

Estrutura primária: cadeia polipeptídica
Estrutura secundária: alfa-hélices, Beta-folhas
Estrutura terciária: estrutura 3D da proteína monomérica
Estrutura quaternária: estrutura entre várias cadeias plipeptídicas








Breve tutorial sobre o DS

Apresentação media

Apresentação do DS da Acccelys



Nenhum comentário:

Postar um comentário