Preparação do solvente - hexano

Diretorio de trabalho: ~/Test/test/

# Script de preparação da proteína com solvente qualquer

# antechamber: script para calcular as cargas atômicas e os parâmetros de uma estrutura não reconhecida pelo AMBER (neste caso um alcano - hexano)
antechamber -i hexane.pdb -fi pdb -o hexane.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2 
parmchk -i hexane.mol2 -f mol2 -o hexane.frcmod

# Conferir as cargas (a soma neste caso tem que ser zero)
cat  hexane.mol2 | awk '{ sum+=$9} END {print sum}'

# Iniciar o script leap
tleap -f leaprc.ff99SB
source leaprc.gaff

# Carregar o arquivo com a molécula e chamar de LIG
LIG = loadmol2 hexane.mol2
#loadamberparams hexane.frcmod
saveoff LIG hexane.lib
check LIG

# Carregar a proteína e chamar de LIP
LIP = loadpdb LipC12.pdb
check LIP

# Adicionar os contra íons
addions LIP Na+ 0
saveoff LIP prot_CI.lib
saveamberparm LIP prot_CI.top prot_CI.inpcrd

# Solvatar a proteína (LIP) com hexanos (LIG)
solvatebox LIP LIG 14
saveoff LIP prot_solv.lib
check LIP
saveamberparm LIP prot_solv.top prot_solv.inpcrd


# Observe que a caixa está pequena mas para teste vamos deixar assim mesmo.....

# Adicionar o numero de resíduos em constraint da proteína nos arquivos min1.in e md1.in (290 resíduos)
# Aumentar o tempo de minimização do solvente.

# Verificar a densidade do hexano a temperatura ambiente