[Cu(isaepy)]+ cotovelos

Comparação entre os resultados do docking para diferentes 'cotovelos'

Simulação feita com o Autodock vina e este atribui o seu campo eletrostático sem considerar as cargas fornecidas pelo usuário.

Observe que ainda não fiz tais testes com a dinâmica. E as que fiz foi com a forma 1

Resultados do docking da Forma 1:

Resultados Docking Forma 2:

Em resumo 
a Forma 1 pode intercalar pelo oxindol do lado do cobre ou pela piridina do lado invertido

a Forma 2 pode intercalar pela piridina pelo lado do cobre ou pelo oxindol do lado invertido.




Utilizei as Gasteiger partial atomic charges e como não há cargas para o cobre adicionei carga +1. Abaixo segue a atribuição das cargas para os sítios mais reativos. Entretanto como pode ser lido abaixo, os metais são tratados como doadores de ligação de hidrogênio e estas cargas são ignoradas no cálculo vina.

Cargas obtidas através do autodock
1)

ATOM      3 CU   LIG d   1       4.600   8.650   2.925  0.00  0.00     1.000 Cu
ATOM      1  N   LIG d   1       6.507   8.273   2.448  0.00  0.00    -0.266 N 
ATOM      2  N   LIG d   1       4.527   7.352   4.429  0.00  0.00    -0.284 N 
ATOM     19  N   LIG d   1       1.429   8.700   5.283  0.00  0.00    -0.220 NA
ATOM     20  O   LIG d   1       2.874   9.254   3.523  0.00  0.00    -0.168 OA



2)

ATOM      1 CU   LIG d   1       4.487   8.832   3.005  0.00  0.00     1.000 Cu
ATOM      2  N   LIG d   1       5.870   7.908   1.890  0.00  0.00    -0.266 N 
ATOM      4  N   LIG d   1       4.425   7.427   4.411  0.00  0.00    -0.284 N 
ATOM      3  N   LIG d   1       1.614   9.025   5.712  0.00  0.00    -0.220 NA
ATOM      5  O   LIG d   1       2.954   9.599   3.877  0.00  0.00    -0.168 OA

"AutoDock Vina ignores the user-supplied partial charges. It has its own way of dealing with the electrostatic interactions through the hydrophobic and the hydrogen bonding terms."

"Following Xscore, we formally treat metals as hydrogen bond donors"