Simulação DNA+Cuisaepy+

# Copiar  modelo que será utilizado no docking

tleap -f leaprc.gaff
source leaprc.ff99SB


# CARREGAR O COMPLEXO DE COBRE (o loadoff deve vir antes do loadpdb !!!!!!)
loadoff cie.lib  
CIE = loadpdb cie.pdb
loadamberparams cie.frcmod
check CIE


# CARREGAR O DNA
DNA = loadmol2 3GC.mol2
savepdb DNA DNA.pdb
check DNA

# COMBINAR OS DOIS RESIDUOS
CIED = combine { CIE DNA }

# COLOCAR ci, SOLVATACAO E SALVAR
saveamberparm CIED cie.top cie.crd
savepdb CIED cied.pdb
addions CIED Na+ 0
saveamberparm CIED cie_ci.top cie_ci.crd
solvatebox CIED TIP3PBOX 14
saveamberparm CIED cie_solv.top cie_solv.crd
savepdb CIED cie_solv.pdb

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Foram realizadas três dinâmicas: model1, model4 e model5 (fazer). Os testes foram realizados no i7 e no cenapad

Modelo 4 (i7)

Em todos os testes o complexo se desligou do DNA. Motivos:

1) Erro na parametrização da carga do complexo(?)
2) DNA muito pequeno?
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OBS:

Para rodar com o cuda, use primeiro o MPI na minimização e faça um pouco da dinâmica (md2.in) com MPI também. Assim quand tiver uma oa estrutura inicie o cálculo com gpu.


Observe que o complexo pode ficar emparelhado com o backbone com a região da piridina ou a região do oxindol. Observe que o =O o oxindol é bastante "pontiagudo" o que parece dificultar a interação com o DNA



Estudo 6DNA (12 bases) com a sequência AT ligado ao [Cu(isaepy(H2O)]+
Trajetória ~ ns
BOX: 24
(Cenapad - CUDA)
O sistema DNA apresentou bastante vibração. Ocorreu a separação da última sequência AT. A Timina se ligou om a adenina através do =O que não faz HB com o NH2 da adenina. Ocorreu também a interação entre bases de planos distintos.
O complexo foi "docado" com o cobre para o lado do solvente. O complexo se manteve estável a menos de algumas vibrações com a tentativa de trocar de sequência. Não houve a possibilidade de sair do DNA.


Estudo 3DNA (6 bases) com a sequência GC ligad ao [Cu(isaenim)]+ (forma enol).
Trajetória de ~56 ns
(Cenapad - CUDA)
BOX: 27
O composto inicialmente foi 'docado' com o cobre voltado para o DNA. O composto se desliga ficando preso pelo amino do imidazol. Em seguida o composto se vira e se liga com o lado hidrofóbico.

O DNA se mantém bem estruturado, sem grandes variações estruturais.


Estudo 6DNA (12 bases) com a sequência CG ligado ao [Cu(isaepy(H2O)]+
Trajetória ~ 54 ns
BOX: 24

(Cenapad: CUDA)

O complexo fica muito tempo preso ao backbone através da 5 posição de coordenação do cobre. Neste composto deixei uma água sempre fixa ao complexo. A última base também se desligou temporariamente.

Estudo 3DNA (6 bases) com a sequência CG ligado ao [Cu(isaepy(H2O)]+
Trajetória ~  ns
BOX: 24

(Cenapad: CUDA)

O composto fica bem mais instável, se desligando e religando ao DNA diversas vezes

O composto tenta se inserir entre as bases (intercalação) através da piridina. Também ocorre a interação frequente com o backbone através da 5 posição do cobre

A interação é mais frequente com o lado hidrofóbico, lembrando que neste modelo há uma água fixa ao composto.