Resp fitting, leap - Cuisaepy

Resp Fitting:

Com o resultado das cargas resp do gaussian deve-se fazer:

# Converter a estrutura g09 em mol2 (observe qual carga foi adicionada no mol2: Mulliken ou ESP)
babel -i g09 cuisa_opt.log -o mol2 cuisa_opt1.mol2

# Conferir as cargas
cat  cuisa_opt1.mol2 | awk '{ sum+=$9} END {print sum}'

#Modificar o mol2 para ser reconhecido pelo gaff (Cu)
sed -i 's/CU /Cu /g' cuisa_opt1.mol2

#Generate ac file with atomtypes (not correctly yet);
atomtype -i cuisa_opt1.mol2 -o cuisa_opt.ac -f mol2 -p gaff

## Mensagem no output:
## WARNING: atom type of     C (cc) and     N (nc) may be wrong


#Take ESP charges from the g09 output file
espgen -i cuisa_opt.log -o cuisa_opt.esp

#Fitting procedure
respgen -i cuisa_opt.ac -o cuisa_opt.respin1 -f resp1

respgen -i cuisa_opt.ac -o cuisa_opt.respin2 -f resp2

resp -O -i cuisa_opt.respin1 -o cuisa_opt.respout1 -e cuisa_opt.esp -t qout_stage1

resp -O -i cuisa_opt.respin2 -o cuisa_opt.respout2 -e cuisa_opt.esp -q qout_stage1 -t qout_stage2

#Use antechamber to make prep file
antechamber -i cuisa_opt.ac -fi ac -o cuisa_opt_resp.ac -fo ac -c rc -cf qout_stage2

#ERRO (ver)

prepgen -i cuisa_opt_resp.ac -o cuisa_opt_resp.prep -f int -rn CIE -rf CIE.res

## Eu apaguei as ultimas 3 linhas com X  do cuisa_opt_resp.prep (acho que é o H2O....)
#cp cuisa_opt_resp.prep cuisa_opt_resp_mod.prep


# Obter o arquivo frcmod e neste ponto o frcmod não deve reconhecer o Cu!!!!!!!
parmchk -i cuisa_opt_resp.prep -f prepi -o cie.frcmod



cat  cuisa_opt_resp.prep | awk '{ sum+=$11} END {print sum}'

Aqui deve-se colocar os parâmetros obtidos pelo Force Matching

No arquivo frcmod eu coloquei:
MASS
Cu 63.6

NONB
  Cu          1.2000  0.0500      (está certo????)

AMANHA:
/local/GRS/Users/brown/complexes/Cuisaepy/CuisaepyH2O+/1/RESP/New

1) Ver no xleap quem sao os atom types e colocar os valores das distancias e angulos e diedrais
2) Acertar a carga que era a do H2O (pode distribuir entre o Cu e os sitios ligantes......
3) Rodar uma minimizacao e ver se o complexo é estavel
4) Ver se é possivel que haja a troca entre cotovelos.....



5) /local/GRS/Users/brown/complexes/Cuisaepy/CuisaepyH2O+/1/RESP/IOP
Obter o resp diretamente pelo antechamber (ver pag 148 do manual)

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# topology files
###################

#copiar os arquivos cuisa_opt_resp.prep e cie.frcmod para a pasta 3-LEAP

#Run tleap and set some atom types
tleap -f leaprc.gaff
source leaprc.ff99SB

loadamberprep cuisa_opt_resp.prep

savemol2 CIE cie.mol2 1

saveoff CIE cie.lib
loadamberparams cie.frcmod
saveamberparm CIE cie.top cie.crd
savepdb CIE cie.pdb
addions CIE Cl- 0
solvatebox CIE TIP3PBOX 14
saveamberparm CIE cie_solv.top cie_solv.crd
savepdb CIE cie_solv.pdb
quit

mpirun -np 8 pmemd.MPI -O -i min1.in -o min1.out -p cie_solv.top -c cie_solv.crd -r cie_solv_min1.rst -ref cie_solv.crd &

mpirun -np 8 pmemd.MPI -O -i min2.in -o min2.out -p cie_solv.top -c cie_solv_min1.rst -r cie_solv_min2.rst &

mpirun -np 8 pmemd.MPI -O -i md1.in -o md1.out -p cie_solv.top -c cie_solv_min2.rst -r cie_solv_md1.rst -x cie_solv_md1.mdcrd -ref cie_solv_min2.rst &

mpirun -np 8 pmemd.MPI -O -i md2.in -o md2.out -p cie_solv.top -c cie_solv_md1.rst -r cie_solv_md2.rst -x cie_solv_md2.mdcrd &